Le mycélium est situé à la base du pied et se trouve la plupart du temps dans le sol. C'est la partie végétative du champignon. Par comparaison le mycélium serait l'arbre et le champignon serait le fruit ( partie reproductrice).

Il existe une association entre les champignons et les végétaux supérieurs tel que les arbres C'est la symbiose mycorhizienne ou mycorhize. Ce qui explique la présence du bolet des bouviers sous les pins ou de la fameuse truffe sous les chênes.